Мурдагы,  Баткен айылына 2000-жылдын 18-февралында Кыргыз Республикасынын №42 Мыйзамы менен райондук баш ийүүдөгү «шаар» статусу берилген мезгилде,  Баткен шаардык Кеңешинин  жана Баткен шаар башкармасынын башчысы  бирге уюштурулуп,  шаар башчысы шаардык Кеңештин төрагасы кызматын бирге аткарган.Райондук баш ийиүүдөгү шаардын I чакырылышында шаардык Кеңеш  9 мандатка,  IIчакырылышта 16 мандат,  III чакырылышта 21 мандат,  IV чакырылышка 25 мандатка ээ болуп, V чакырылыштан баштап 31 мандатка ээ болуп, 31 депутат шайланып келе жатат.Шаардык Кеңешке V-VI чакырылышка  толугу менен  саясый партиялык тизме менен шайланышып келе жатат.2009-жылдын 19-февралдагы Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнүн  Кыргыз Республикасынын Баткен облусунун Баткен шаарынын мамлекеттик жана муниципалдык башкаруу органдарын уюштуруу  чаралар жөнүндө» №130 токтомунун негизинде Баткен шаардык Кеңешинин жана шаар мэриясынын  өзүнчө аппараттары түзүлүп иш алып келе жатат. Баткен шаардык Кеңешинин VII чакырылышынын депутаттары: «Ала-Тоо Кыргыз жери» саясий партиясынан 12 мандат, «Ынтымак» саясий партиясынан 10 мандат, «Эмгек» саясий партиясынан 6 мандат жана «Жаңы Доор» саясий партиясынан 3 мандат  менен  шайланышып келишкен.